Coronavirus disease-2019 atau covid-19 merupakan penyakit menular yang menyerang saluran pernafasan yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2. Virus SARS-cov-2 ini terdiri dari selubung protein yang didalamnya terdapat Spike Protein yang nantinya akan berikatan dengan dengan ACE 2 (Angiotensin converting enzyme 2) ketika virus ini memasuki tubuh. Oleh karena itu dibutuhkan suatu senyawa potensial anticovid-19 agar menemukan kandidat obat atau pencegahan infeksi virus covid-19 ini yaitu dengan dilakukannya virtual screening dengan cara memanfaatkan dari struktur protein virus dan ligan dari suatu tumbuhan. Salah satu contohnya adalah Molecular Docking yang merupakan virtual screening berbasis struktur.
Link youtube materi pertemuan 5 "Virtual Screening Senyawa Flavonoid Tanaman Obat Indonesia Sebagai Inhibitor Protein Spike SARS-CoV-2 Pasien Indonesia. Molecular Docking and Virtual Screening Based Prediction of Drugs for Covid-19"
Virtual skrining pada tahap penentuan ligan senyawa tumbuhan, ligan yang dimaksud adalah?
BalasHapusLigan adalah penyumbang pasangan elektron pada atom pusat. Ligan yang menyumbangkan satu pasang elektron (mempunyai satu atom donor) disebut ligan unidentat, yang menyumbangkan dua pasang elektron (mempunyai dua atom donor) disebut bidentat, dan yang menyumbang lebih dari dua pasang elektron disebut polidentat.
HapusApakah situs yang digunakan hanya pubchem?
BalasHapusPada molecular docking ini digunakan Struktur tiga dimensi (3D) protein dari virus covid-19 dan ligan dari tumbuhan sebagai data untuk dapat diproses melalui aplikasi autodock vina karena proses molecular docking ini dilakukan secara simulasi melalui komputer dan menggunakan suatu aplikasi. untuk mencari data 3D dari protein virus dan ligan tumbuhan selain menggunakan situs pubchem juga dapat melalui situs Electron Microscopy Data Bank (EMDB) untuk mencari data 3D protein virus covid-19 dan ligan dari protein.
HapusTadi dikatakan bahwa semakin rendah energi ikatan semakin kuat interaksi ikatannya. Apa hubungan antara ikatan dan baiknya bahan percobaan (curcumin) tadi ?
BalasHapusEnergi ikatam menunjukan kekuatan interaksi ikatan antara protein virus dan ligan dimana jika nilainya semakin kecil atau negatif maka semakin kuat interaksi ikatannya. Pada curcumin didapatkan hasil -9,00 yang berarti ikatan antara protein virus covid-19 dengan ligan curcumin memiliki interaksi kekuatan ikatan yang tinggi sehingga saat virus SARS-CoV-2 Menyerang tubuh manusia, ligan curcumin tersebut akan dapat berikatan langsung dengan S protein dari virus SARS-CoV-2 dan ACE2 reseptor secara kuat yang akhirnya dapat menghambat virus SARS CoV-2 menyerang tubuh manusia.
Hapus